1. حسین جعفری ثانی , زهرا حجازی , زهرا وقاری زمهریر , بررسی تأثیر روش تدریس تفحّص گروهی بر رشد مهارت‌‌های اجتماعی دانش‌آموزان , راهبردهای شناختی در یادگیری , دوره ( ۴ ) , تاریخ: ۱۳۹۵/۱۰, صفحه ۱-۲۱
  2. حسین جعفری ثانی , سید کاظم علوی لنگرودی , حمیده پاک مهر , تعیین سهم پیش‌ پراکندگی رویکردهای برنامه‌ درسی در گرایش به تفکر انتقادی دانشجویان علوم انسانی , پژوهش در یادگیری آموزشگاهی و مجازی , دوره ( ۳ ) , تاریخ: ۱۳۹۵/۰۳, صفحه ۳۷-۴۶
  3. محمد اکبری بورنگ , علی اکبر عجم , حسین جعفری ثانی , حسین شکوهی فرد , طراحی و اعتبار یابی الگوی تدریس مجازی با کیفیت در نظام آموزش عالی ایران , پژوهش های کیفی در برنامه ریزی درسی , دوره ( ۱ ) , تاریخ: ۱۳۹۵/۰۱, صفحه ۷۳-۱۰۶
  4. امین بابادی , حسین جعفری ثانی , مرتضی کرمی , شناسایی گونه های غالب و غایب تلفیق دربرنامه درسی دانشگاه علوم اسلامی رضوی , پژوهش در مسائل تعلیم و تربیت اسلامی , دوره ( ۲۳ ) , تاریخ: ۱۳۹۴/۰۹, صفحه ۶۷-۸۳
  5. داوود رحمانی‌زاده , حسین جعفری ثانی , سارا داوود نیا , نقش ابعاد فضای اخلاقی سازمان در پیش بینی رضایت شغلی معلمان , اخلاق در علوم و فناوری , دوره ( ۱۰ ) , تاریخ: ۱۳۹۴/۰۳, صفحه ۵۷-۶۷
  6. مهوش کاظمی قره چه , مقصود امین خندقی , حسین جعفری ثانی , ارزیابی کیفیت مراحل تولید محتوای الکترونیکی در برنامه درسی دانشگاه علوم پزشکی مشهد در سال 1390 , مطالعات اندازه گیری و ارزشیابی آموزشی , دوره ( ۳ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۸, صفحه ۷۱-۹۹
  7. حسن اسلامیان , حسین جعفری ثانی , زهره گودرزی , زهرا اسلامیان , رابطه بین هوش هیجانی و به‌کارگیری مؤلفه‌های تدریس اثر بخش استادان دانشگاه علوم پزشکی مازندران , آموزش در علوم پزشکی , دوره ( ۱۴ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۸, صفحه ۶۸۵-۶۹۴
  8. حسین جعفری ثانی , مجتبی حسینی , فروزان سادات هاشمی جزی , ملیحه لطفی , بررسی تأثیر روش تدریس کاوشگری علمی بر رشد دانش فراشناختی دانش‌آموزان در درس علوم تجربی , راهبردهای شناختی در یادگیری , دوره ( ۱ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۶, صفحه ۳۱-۴۸
  9. حسین جعفری ثانی , طیبه خونیکی درمیان , سمیه زارع , نقش نگرش مدیران مدارس نسبت به مدیریت دانش در کارایی آنان , پژوهشنامه تربیتی-دانشگاه آزاد بجنورد , دوره ( ۹ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۶, صفحه ۱-۲۲
  10. سکینه محبی امین , حسین جعفری ثانی , محمود سعیدی رضوانی , سیدامیر امین یزدی , عوامل فرهنگی موثر بر تدریس خلاق از دیدگاه اساتید دانشکده پرستاری و مامایی دانشگاه علوم پزشکی مشهد , پژوهش در برنامه ریزی درسی , دوره ( ۲ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۴, صفحه ۷۴-۸۷
  11. مقصود امین خندقی , حسین جعفری ثانی , مهوش کاظمی قره چه , فرآیند تولید محتوای الکترونیکی بر اساس مدل p3 و نقش ابزارهای تألیف محتوای الکترونیکی در برنامه درسی آموزش عالی , پژوهشنامه تربیتی-دانشگاه آزاد بجنورد , دوره ( ۹ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۳, صفحه ۹۵-۱۱۶
  12. سیدعلی قادری , مرتضی کرمی , حسین جعفری ثانی , محمد امین ترابی زاده , بررسی ابعاد و چالشهای اجرای برنامه های درسی جدید (بازنگری شده) نظام آموزش عالی مهارتی از دیدگاه مجریان , مهارت آموزی , دوره ( ۲ ) , تاریخ: ۱۳۹۳/۰۲, صفحه ۱۲۱-۱۳۶
  13. حسین جعفری ثانی , مرتضی کرمی , حمیده پاک مهر , شناسایی الگوی تلفیق برنامه‌ درسی علوم انسانی و فاصله آن با وضعیت مورد انتظاردانشجویان، بر اساس دیدگاه فوگارتی , مطالعات میان رشته ای در علوم انسانی , دوره ( ۵ ) , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۹, صفحه ۱۱۹-۱۳۴
  14. سکینه محبی امین , حسین جعفری ثانی , محمود سعیدی رضوانی , سیدامیر امین یزدی , وضعیت تدریس خلاق از دیدگاه دانشجویان دانشکده پرستاری و مامایی دانشگاه علوم پزشکی مشهد , آموزش در علوم پزشکی , دوره ( ۱۳ ) , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۶, صفحه ۵۰۹-۵۱۸
  15. حسین کارشکی , حسین جعفری ثانی , فاطمه ارفع بلوچی , ارزیابی محتوای برنامه درسی رشته علوم تربیتی گرایش آموزش و پرورش پیش دبستانی و دبستانی , پژوهش در برنامه ریزی درسی , دوره ( ۱۱ ) , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۶, صفحه ۱۰۳-۱۱۵
  16. علی اکبر عجم , حسین جعفری ثانی , بهروز مهرام , محمدرضا آهنچیان , بررسی نقش انگیزش تحصیلی و مهارت‌های رایانه‌ای دانشجویان در دیدگاه آنان نسبت به رویکرد یادگیری ترکیبی , رهیافتی نو در مدیریت آموزشی , دوره ( ۴ ) , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۶, صفحه ۶۳-۸۲
  17. حسین جعفری ثانی , حمیده پاک مهر , حسن اسلامیان , بررسی گرایش دانشجویان تحصیلات تکمیلی رشته برنامه درسی به رویکردهای برنامه درسی , پژوهش در برنامه ریزی درسی , دوره ( ۲ ) , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۴, صفحه ۱۰۸-۱۲۱
  18. حسین جعفری ثانی , محمود سعیدی رضوانی , محسن زارعی نوجینی , حمیده پاک مهر , ویژگی‌های کلیدی برنامه درسی مبتنی بر آموش الکترونیکی در آموزش عالی , آموزش عالی ایران , دوره ( ۵ ) , تاریخ: ۱۳۹۲/۰۲, صفحه ۱۶۳-۱۸۷
  19. حمیده پاک مهر , حسین جعفری ثانی , محمود سعیدی رضوانی , حسین کارشکی , نقش کیفیت تدریس اساتید و مولفه های آن در توسعه تفکر انتقادی دانشجویان: فرصت ها و چالش های برنامه درسی در آموزش عالی , مطالعات روان شناسی تربیتی , دوره ( ۹ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۱۲, صفحه ۱۷-۳۹
  20. حسین جعفری ثانی , اعظم محمدزاده قصر , هوشنگ گراوند , سیدعلی اکبر حسینی , سبک های یادگیری و نقش آن بر یادگیری خودراهبردانشجویان دختر و پسر دانشکده پرستاری و مامایی مشهد , آموزش در علوم پزشکی , دوره ( ۱۲ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۱۱, صفحه ۸۴۲-۸۵۳
  21. محمد اکبری بورنگ , حسین جعفری ثانی , محمدرضا آهنچیان , حسین کارشکی , ارزیابی کیفیت یادگیری الکترونیکی در دانشگاههای ایران براساس جهت گیریهای برنامه درسی و تجربه مدرسان , پژوهش و برنامه‌ریزی در آموزش‌ عالی , دوره ( ۱۸ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۱۰, صفحه ۷۵-۹۷
  22. حسین جعفری ثانی , فاطمه بلوچ زاده , سمیه بهمن آبادی , رابطه ارزشیابی کلاسی ادراک شده تبحری محور و عملکردی محور با خود راهبری در یادگیری دانشجویان پرستاری و مامایی دانشگاه علوم پزشکی مشهد , مرکز مطالعات و توسعه آموزش پزشکی یزد , دوره ( ۷ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۱۰, صفحه ۴۱-۵۱
  23. علی اکبر عجم , حسین جعفری ثانی , بهروز مهرام , محمدرضا آهنچیان , نقش راهبردهای یادگیری خودتنظیمی، مهارت رایانه‌ای و پیشرفت تحصیلی دانشجویان در دیدگاه آنان نسبت به تعامل همزمان و ناهمزمان رویکرد یادگیری ترکیبی , پژوهش در برنامه ریزی درسی , دوره ( ۲ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۹, صفحه ۱-۱۷
  24. حسین جعفری ثانی , انسی کرامتی , بررسی نگرش اعضای هیئت علمی در باره رابطه بین فعالیتهای آموزشی و پژوهشی خویش , پژوهش و برنامه‌ریزی در آموزش‌ عالی , دوره ( ۱۸ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۶, صفحه ۱-۱۷
  25. محمد اکبری بورنگ , حسین جعفری ثانی , محمدرضا آهنچیان , حسین کارشکی , بررسی جهت‌گیری‌های برنامه درسی استادان : نقش جنسیت ، مرتبه علمی و نحوه ارایه آموزش ( مجازی،حضوری) در دانشگاه علوم پزشکی مشهد , آموزش در علوم پزشکی , دوره ( ۱۲ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۳, صفحه ۲۱۰-۲۱۹
  26. زهرا عابدیان , مریم نوایی , حسین جعفری ثانی , آرین آرانی , سعید ابراهیم زاده , مقایسه تأثیر دو روش آموزشی ایفای نقش و سخنرانی بر آگاهی، نگرش و عملکرد زنان نخست باردار در باره نوع زایمان , زنان، مامایی و نازایی ایران- Iranian Journal of Obstetrics, Gynecology and Infertility , دوره ( ۱۵ ) , تاریخ: ۱۳۹۱/۰۱, صفحه ۲۵-۳۵
  27. حسین جعفری ثانی , حمیده پاک مهر , علیرضا عقیلی , تأثیر الگوی کاوشگری بر باورهای خودکارآمدی دانش آموزان در حل مسائل درس فیزیک , روانشناسی تربیتی-دانشگاه علامه طباطبایی , دوره ( ۷ ) , تاریخ: ۱۳۹۰/۱۲, صفحه ۱-۲۰
  28. حجی محمد نوروزی , سید مصطفی محسنی زاده , حسین جعفری ثانی , سعید ابراهیم زاده , تأثیر تدریس با تلفیق دو الگوی آموزشی همیاری و یادگیری در حد تسلط بر یادگیری مبحث علایم حیاتی : تجربه ای از دانشجویان پرستاری و اتاق عمل دانشگاه علوم پزشکی مشهد , آموزش در علوم پزشکی , دوره ( ۱۱ ) , تاریخ: ۱۳۹۰/۰۹, صفحه ۵۵۶-۵۶۸
  29. مرضیه دهقانی , مقصود امین خندقی , حسین جعفری ثانی , محسن نوغانی دخت بهمنی , واکاوی الگوی مفهومی در حوزه برنامه درسی: نقدی بر پژوهشهای انجام شده با رویکرد طراحی الگو در برنامه درسی , پژوهشنامه مبانی تعلیم و تربیت , دوره ( ۱ ) , تاریخ: ۱۳۹۰/۰۶, صفحه ۹۹-۱۲۶
  30. محسن دیبایی صابر , حسین جعفری ثانی , محسن آیتی , میزان درگیری برنامه درسی فارسی دوره ابتدایی(پایه سوم و چهارم) با مهارت های سواد خواندن بر اساس مطالعه بین المللی پرلز , نوآوری های آموزشی , دوره ( ۹ ) , تاریخ: ۱۳۸۹/۱۲, صفحه ۲۹-۴۹
  31. حسین جعفری ثانی , محمد حسن فرخ زاده , محمد علی معموری , تأثیر الگوی تدریس پیش‌سازمان‌دهنده بر یادگیری درس شیمی عمومی , پژوهش مدیریت آموزش کشاورزی , دوره ( ۳ ) , تاریخ: ۱۳۸۸/۰۸, صفحه ۶۴-۷۳
  32. حسین جعفری ثانی , نرگس قربانی , تأثیر تلفیق محتوای چهار بخش اصلی کتاب علوم اول راهنمایی بر اساس رویکرد سازماندهی تلفیقی بر پیشرفت تحصیلی و رشد اجتماعی , نوآوری های آموزشی , دوره ( ۷ ) , تاریخ: ۱۳۸۷/۱۲, صفحه ۱۵۷-۱۷۸
  33. حسین جعفری ثانی , مطالعه تأثیر به کارگیری یک الگوی تدریس ترکیب شده , مطالعات تربیتی و روانشناسی , تاریخ: ۱۳۸۶/۰۶, صفحه ۱۱۵-۱۳۶
  34. حسین جعفری ثانی , مریم رحمتی , میزان انطباق کتاب تعلیمات اجتماعی پایه پنجم ابتدایی با اصول انتخاب و سازماندهی برنامه درسی , مطالعات روان شناسی تربیتی , دوره ( ۴ ) , تاریخ: ۱۳۸۶/۰۶, صفحه ۳۹-۵۴
  35. حسین جعفری ثانی , تبیین نقش علوم انسانی بر سایر علوم , تازه های پژوهش در برنامه ریزی درسی , دوره ( ۱ ) , تاریخ: ۱۳۸۶/۰۳, صفحه ۵۷-۶۷
  36. حسین جعفری ثانی , ماهیت هدف ها و محتوای برنامه درسی ریاضیات در دوره ابتدایی , پژوهشی دانشگاه حکیم سبزواری , دوره ( ۲ ) , تاریخ: ۱۳۷۷/۰۳, صفحه ۶۹-۸۶